Sự khác biệt ở bản chất đối tượng giữa giao dịch chuyển nhượng vốn và giao dịch chuyển nhượng tài sản trong các thương vụ mua bán & sáp nhập dẫn đến sự khác biệt trong kết quả của mỗi giao dịch sau khi hoàn tất. Đối với giao dịch chuyển nhượng vốn, sau khi hoàn tất, bên mua sẽ là cổ đông, thành viên góp vốn hoặc chủ sở hữu của công ty mục tiêu. Với tư cách thành viên góp vốn, cổ đông hoặc chủ sở hữu của công ty mục tiêu, bên mua sẽ chịu trách nhiệm với hoạt động, quyền và nghĩa vụ của công ty mục tiêu trong phạm vi vốn góp, cổ phần do mình sở hữu. Như vậy, bên mua gián tiếp sẽ phải gánh chịu trách nhiệm đối với các nghĩa vụ về vốn, tài chính và thuế của công ty mục tiêu. Nếu các nghĩa vụ này không được các cổ đông cũ, thành viên cũ hoặc chính công ty mục tiêu đáp ứng đầy đủ thì đây là sẽ rủi ro cho bên mua.
Ví dụ, đối với khía cạnh vốn, nếu các cổ đông, thành viên cũ góp vốn không đầy đủ hoặc vi phạm về nghĩa vụ góp vốn như định giá tài sản góp vốn sai quy định và quá trình thẩm định không phát hiện ra các vi phạm này vì nhiều lý do, công ty mục tiêu có thể bị xử phạt vi phạm hành chính và bên mua có thể bị thiệt hại vì phần vốn chuyển nhượng thực tế có thể có giá trị thấp hơn phần vốn mục tiêu của giao dịch mua bán trước đây.
Liên quan đến khía cạnh tài chính, tương tự như khía cạnh vốn, nếu công ty mục tiêu tồn tại các nghĩa vụ tài chính với bên khác (có thể là đối tác, bên cho vay, ngân hàng, người lao động, các giao dịch đầu tư, ….) mà bên mua không phát hiện được thông qua quá trình thẩm định, công ty mục tiêu sẽ phải thực hiện các nghĩa vụ tài chính này trong tương lai. Nếu bên mua không tính các nghĩa vụ tài chính này vào việc tính toán giá mua hoặc các điều kiện tiên quyết của hợp đồng chuyển nhượng vốn ký với bên bán, bên mua sẽ là bên bị thiệt hại về tài chính (thông qua việc sở hữu vốn của công ty mục tiêu).
Khía cạnh trách nhiệm thuế là một trong những khía cạnh mà hầu hết các bên mua đều cân nhắc rất kỹ càng và đưa vào các cam kết, điều kiện tiên quyết của giao dịch chuyển nhượng. Trách nhiệm thuế của doanh nghiệp là trách nhiệm với nhà nước và, do đó, hậu quả của việc vi phạm thường là rất lớn và có thể ảnh hưởng nghiêm trọng đến khả năng hoạt động của công ty mục tiêu. Ngoài các loại thuế mà một doanh nghiệp thông thường có trách nhiệm thực hiện như thuế thu nhập doanh nghiệp, thuế thu nhập cá nhân hay thuế giá trị gia tăng, một số doanh nghiệp hoạt động trong các hoạt động đặc thù có thể có trách nhiệm với các loại thuế khác. Ví dụ công ty hoạt động trong lĩnh vực nhượng quyền thương mại từ nước ngoài về Việt Nam có thể chịu thêm thuế nhà thầu khi thanh toán phí nhượng quyền cho đối tác nước ngoài. Ngoài ra, công ty cũng phải có trách nhiệm kê khai, quyết toán thuế thu nhập cá nhân thay cho cho các thành viên góp vốn, cổ đông trước kia nếu các thành viên góp vốn, cổ đông này có thực hiện giao dịch chuyển nhượng vốn trước đây nhưng chưa thực hiện nghĩa vụ quyết toán thuế. Việc không thực hiện hoặc thực hiện không đủ, đúng thời hạn các nghĩa vụ thuế này có thể khiến công ty mục tiêu bị xử phạt vi phạm hành chính ở mức rất cao, truy thu, đóng lãi và ảnh hưởng trực tiếp đến tài chính để vận hành doanh nghiệp.
Chính vì các rủi ro rất lớn như trên, đối với giao dịch chuyển nhượng vốn, bên mua thông thường phải thực hiện thẩm định công ty mục tiêu rất chặt chẽ về cả khía cạnh pháp lý và khía cạnh tài chính để phát hiện được các rủi ro sớm và dự liệu được các giải pháp phù hợp.
Khác với giao dịch chuyển nhượng vốn, giao dịch chuyển nhượng dự án hoặc chuyển nhượng tài sản sẽ dẫn đến sự tách rời dự án, tài sản (đối tượng của giao dịch) khỏi pháp nhân cũ. Do đó, các trách nhiệm về vốn, tài chính và thuế của bản thân công ty sở hữu dự án, tài sản sẽ không được dịch chuyển đến bên mua. Bên mua cũng không có trách nhiệm với các nghĩa vụ của công ty mục tiêu trong quá khứ. Bên mua chỉ chịu trách nhiệm với các nghĩa vụ tài chính, thuế của tài sản mục tiêu kể từ thời điểm bên mua trở thành chủ sở hữu của dự án, tài sản đó. Chính vì điều này mà phạm vi thẩm định đối với giao dịch chuyển nhượng dự án thông thường sẽ hẹp hơn so với giao dịch chuyển nhượng vốn.
